铁雪资源网 Design By www.gsvan.com
因为后期主要的研究方向是医学图像处理,而现有手头的大部分数据都是nii格式或者是hdr,img格式的数据,所以首先第一步我们需要解决图像的读写问题。
其实使用OpenCV也可以方便的进行图像读取,但是这里暂时只学习Nibabel这个库,后面有时间的话再研究OpenCV在python中的使用。
Nibabel的安装
可以通过pip进行安装
pip install nibabel
简单的图像读取和存储操作
import os import nibabel as nib # 读取图像 path='C:\Users\Darren\Desktop\example.nii.gz' img=nib.load(path) # 查看图像的长宽高 img.shape # 图像进行仿射变换 img.affine.shape # 保存图像 path_save='C:\Users\Darren\Desktop\example_save.nii.gz' img.to_filename(path_save) 或者 nib.save(img,path_save)
补充知识:使用SimpleITK读取NII格式三维图像注意事项
SimpleITK
Python中SimpleITK被广泛用于医学图像的处理任务中,功能非常强大,但是使用的时候还需注意,尤其在图像读取时一定要注意维度。
读取NII格式的图像
#读取并显示NII图像文件 from matplotlib import pyplot as plt import SimpleITK as sitk img_path = 'res.nii.gz' I = sitk.ReadImage(img_path) img = sitk.GetArrayFromImage(I) plt.imshow(img[1,...], cmap='gray', interpolation='bicubic') plt.xticks([]), plt.yticks([]) and Y axis plt.show()
上面的代码很简单,不多做解释,加入我们在最后加上
print(img.shape)
如果输出(300,200,120),其中分别表示该三维体数据在Z轴,Y轴,X轴上的尺寸,这和MATLAB以及ImageJ都有点不同,后续处理一定要注意。
以上这篇使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持。
铁雪资源网 Design By www.gsvan.com
广告合作:本站广告合作请联系QQ:858582 申请时备注:广告合作(否则不回)
免责声明:本站文章均来自网站采集或用户投稿,网站不提供任何软件下载或自行开发的软件! 如有用户或公司发现本站内容信息存在侵权行为,请邮件告知! 858582#qq.com
免责声明:本站文章均来自网站采集或用户投稿,网站不提供任何软件下载或自行开发的软件! 如有用户或公司发现本站内容信息存在侵权行为,请邮件告知! 858582#qq.com
铁雪资源网 Design By www.gsvan.com
暂无使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作的评论...
RTX 5090要首发 性能要翻倍!三星展示GDDR7显存
三星在GTC上展示了专为下一代游戏GPU设计的GDDR7内存。
首次推出的GDDR7内存模块密度为16GB,每个模块容量为2GB。其速度预设为32 Gbps(PAM3),但也可以降至28 Gbps,以提高产量和初始阶段的整体性能和成本效益。
据三星表示,GDDR7内存的能效将提高20%,同时工作电压仅为1.1V,低于标准的1.2V。通过采用更新的封装材料和优化的电路设计,使得在高速运行时的发热量降低,GDDR7的热阻比GDDR6降低了70%。